Kierkegaard arremetió contra las instituciones cristianas en sus últimos años. Sentía que el estado confesional establecido era perjudicial para los individuos.
Como se ha mencionado anteriormente, Kierkegaard mantuvo, en los últimos años de su vida, un ataque continuado contra todo lo relacionado con el cristianismo, o la cristiandad como entidad política. En el siglo XIX, la mayoría de daneses ciudadanos de Dinamarca eran necesariamente miembros de la Iglesia del Pueblo Danés. Kierkegaard sintió que este estado confesional era inaceptable y pervertía el verdadero significado de la cristiandad.[19] Los puntos principales de su ataque incluían:
Las congregaciones de la Iglesia no tienen sentido: La idea de las congregaciones hace que los individuos sean como niños, ya que los cristianos son reacios a tomar la iniciativa a la hora de asumir la responsabilidad de su propia relación con Dios. Kierkegaard resaltó que «el cristianismo es el individuo, aquí, el propio individuo».[38]
El cristianismo se había secularizado y politizado: Puesto que la iglesia estaba controlada por el estado, Kierkegaard creyó que la misión burocrática del estado era aumentar el número de miembros y supervisar el bienestar de estos. Más miembros significaría más poder para el clero: un ideal corrupto. Esta misión parecería contraria a la verdadera doctrina cristiana, que destaca la importancia del individuo, no del conjunto.[8]
El cristianismo se convierte en una religión vacía: De esta manera, la estructura de estado confesional es ofensiva y perjudicial para los individuos, puesto que cada uno de ellos se ha convertido en «cristiano» sin saber lo que ello significa. También es perjudicial para la propia religión, puesto que reduce el cristianismo a una tradición de moda a la que se adhieren «creyentes» que no creen.
Si la iglesia es «libre» con respecto al estado, todo está bien. Puedo adaptarme a esa situación inmediatamente. Pero si la iglesia va a emanciparse del estado, entonces debo preguntar: ¿Cómo?, ¿de qué manera? Un movimiento religioso debe ser llevado religiosamente, ¡si no es una vergüenza! Consecuentemente, la emancipación debe suceder mediante el martirio, sangriento o no. El precio de compra es la actitud espiritual. Pero aquellos que desean emancipar la iglesia por medios seculares y mundanos (i.e. sin martirio), han introducido una concepción de tolerancia totalmente consonante con la del mundo entero, donde la tolerancia es igual a la indiferencia, y esa es la peor ofensa que se puede hacer al cristianismo. … la doctrina de la iglesia establecida y su organización están muy bien. Oh, pero entonces nuestras vidas: creedme, son desdichadas.
